La Facultad de Ciencias de la Universidad Autónoma de Baja California inició oficialmente sus actividades académicas el 21 de junio de 1977, con la licenciatura en Biología, y con el nombre de Escuela Superior de Ciencias Biológicas. Un año después, el 10 de noviembre de 1978 el Consejo Universitario aprobó la apertura de la licenciatura en Física. En el verano de 1982 egresa la primera generación de biólogos, y en el verano de 1983, la primera generación de físicos.
En 1984, del 3 al 6 de mayo, se festeja la primera Semana de Biología, y en el año de 1985, entre el 13 y el 15 de noviembre, se realizó la primera Exposición Regional de Hongos y Líquenes de Baja California. Un año después, el 27 de noviembre de 1986, el Consejo Universitario aprueba el cambio de nombre de esta institución: de Escuela Superior de Ciencias Biológicas a Escuela Superior de Ciencias. Al mismo tiempo se crearon las licenciaturas en Ciencias Computacionales y Matemáticas Aplicadas.
Hacia 1989 se aprobó la creación de la maestría en Manejo de Ecosistemas de Zonas Áridas: un posgrado que dio paso a la nueva denominación de Facultad de Ciencias. Al año siguiente, durante el verano, ingresó la primera generación de este nuevo programa académico, y en el invierno de 1990 comienzan a egresar las primeras generaciones de las licenciaturas en Ciencias Computacionales y en Matemáticas Aplicadas.
En enero del 2007 la facultad inauguró sus programas de nanotecnología con la maestría y el doctorado en Ciencias e Ingeniería en Nanotecnología, y que forman parte del posgrado en Ciencias e Ingeniería (MyDCL) de la UABC.
Actualmente la Facultad de Ciencias tiene una planta docente de 48 académicos de tiempo completo. Su programa académico se compone de cuatro licenciaturas: Biología, Física, Ciencias Computacionales y Matemáticas Aplicadas, además del programa educativo (PE) de Técnico Superior Universitario en Ciencias Computacionales. En el estado de Baja California estas carreras sólo pueden estudiarse en la Facultad de Ciencias. Los posgrados que actualmente se ofrecen son la Maestría en Manejo en Ecosistemas de Zonas Áridas, y que atiende estudiantes nacionales y extranjeros; y la Maestría y Doctorado en Ciencias e Ingeniería con especialidad en Nanotecnología, un programa único en el país que contribuye a fortalecer la cooperación entre diversas instituciones nacionales e internacionales. También hay posgrados que se comparten entre la Facultad de Ciencias y otras unidades académicas, como la Maestría en Tecnología de la Información y Comunicación.
La Facultad de Ciencias se enorgullece de ofrecer a sus estudiantes las mejores instalaciones y el equipo necesario para desarrollar las herramientas científicas que exige el desarrollo profesional de las carreras y los posgrados que aquí se ofertan. Además, quienes aquí estudian tienen la posibilidad de interactuar con otras disciplinas técnicas y científicas, y que se imparten en este mismo campus o en instituciones cercanas como el CICESE y la UNAM.