En 1969 la Universidad Autónoma de Baja California, bajo el mando del Rector Rafael Soto, estableció la Comisión de Planeación con el objetivo de crear nuevas carreras profesionales. Fue así que durante una reunión del honorable Consejo Universitario, con fecha de 21 de junio de 1969, se autorizó la apertura de la Escuela de Arquitectura.
La primera convocatoria de ingreso, publicada en los diarios de la localidad, recibió una inscripción de 40 aspirantes. Las clases iniciaron el 6 de octubre de 1969 en un pequeño local ubicado en la avenida Cristóbal Colón, casi esquina con calzada Justo Sierra, y su primer director fue el arquitecto César Rubén Castro Bojórquez, quien ejerció el cargo hasta 1977.
En octubre de 1974 concluyó la primera generación de arquitectura, y en 1975 se titularon los primeros seis arquitectos. En 1985, tras pasar por varias locaciones para atender a la creciente matrícula de estudiantes, la Escuela de Arquitectura se instala definitivamente en su edificio actual en el campus central de Mexicali. Este edificio contaba en su momento con tres niveles y un patio central, y después se agregó una crujía anexa destinada a talleres y salas audiovisuales, así como un edificio con capacidad para 15 aulas, y que hoy en día alberga los laboratorios y talleres de las dos nuevas licenciaturas que ofrece la ahora Facultad de Arquitectura y Diseño.
En 1983 la unidad académica se renombra como facultad, pues inicia con la oferta de programas de posgrado: la especialidad en Arquitectura del Paisaje y la maestría en Arquitectura Solar, ambas con el propósito de contribuir a la formación de recursos humanos capacitados en los problemas urbanos y ambientales de la región. De 1985 a 1991 se ofertó el programa de maestría en Desarrollo Urbano, impulsado por docentes e investigadores de la Facultad de Arquitectura y el Instituto de Investigaciones Sociales, con el objetivo de formar especialistas en el campo del desarrollo urbano, capaces de analizar y evaluar dicho fenómeno en la región fronteriza del norte de México.