En enero de 1987 se inicia el Programa de Especialidad en Administración de Recursos Marinos, y el 27 de noviembre de aquel año, con la aprobación del Consejo Universitario, la ESCM cambia su nombre a Facultad de Ciencias Marinas, convirtiéndose así en la primera facultad de la UABC.

La escuela nace en un galerón del edificio Hector A. Migoni, donado por el Club Rotario de Ensenada y ubicado junto a la preparatoria Ensenada. Por necesidades propias de la escuela —pues la enseñanza de las ciencias marinas requiere de investigación— se fundó el Centro de Investigaciones Oceanológicas, y que posteriormente se convirtió en el Instituto de Investigaciones Oceanológicas. El Biólogo Pedro Mercado Sánchez fue el primer profesor de tiempo completo y el primer director de la ESCM.

En colaboración con el Instituto de Investigaciones Oceanológicas (IIO) de la UABC, se crearon, en 1990, los programas de maestría y doctorado de Ciencias en Oceanografía Costera, y que sustituyeron a la maestría en Oceanografía Biológica. Para continuar con la diversificación de la oferta educativa, en 2006 se creó la especialidad en Gestión Ambiental en colaboración con la Facultad de Ciencias (FC) y el IIO, y que sustituyó a la Especialidad en Administración de Recursos Marinos. Ese mismo año también se creó el programa de maestría y doctorado de Ciencias en Ecología Molecular y Biotecnología, en colaboración con el IIO. Finalmente, en 2007, se inician los programas de licenciatura en Ciencias Ambientales y de Biotecnología en Acuacultura.